O Programa de Pós-Graduação em Cidades: Territórios e Identidades mantém uma única área de concentração: Estudos Sociais e suas Humanidades, que tem por objetivo a compreensão dos aspectos relacionais entre cidades, territórios e os agentes sociais, preocupados em compreender as complexidades identitárias expressas nas culturas, nas linguagens e nas artes das sociedades estudadas. O PPGCITI está estruturado em três linhas de pesquisa, a saber:
Linha de Pesquisa 1: Políticas Públicas, Movimentos Sociais e Territórios – Estudos de políticas públicas e suas relações históricas, sociais e culturais; na identificação dos conflitos constitutivos das cidades e dos territórios, observados por meio da descrição, análise, documentação e pesquisa de fontes primárias. Inserem-se nesta linha os estudos do fenômeno políticos, sociológicos, antropológicos, geográficos e educacionais.
Linha de Pesquisa 2: Identidades: Linguagens, Práticas e Representações - Estudos das práticas sociais e humanas e das relações de poder, na perspectiva da memória e da história, individual e/ou coletiva, com ênfase no entendimento das construções e representações identitárias materializadas na cultura, na educação, na linguagem e na arte dos grupos sociais estudados.
Linha de Pesquisa 3: Educação, Estado e Territorialidades – Contempla estudos e pesquisas no âmbito da relação Estado e Sociedade, com foco nas diferentes políticas públicas Educacionais. Estudo dos Sistemas e dos regimes de colaboração entre os entes federados, bem como das identidades docentes e dos processos educativos em espaços formais e não formais no campo e na cidade como expressão das territorialidades regionais. Além, dos estudos sociológicos da Educação, bem como, dos fundamentos da Ciência política, relacionados ao papel do estado e o seu reflexo nas ações públicas das organizações sociais no território.